香港中文大学（深圳）祥波书院与香港中文大学新亚书院于2024 年正式建立姊妹书院合作关系。2025年4月，在祥波书院代行院长潘文安教授及新亚书院辅导长张锦少教授的牵头下，两院首次在书院层面开展青年学者科研培养项目，成为双方建校以来的历史性突破。

本项目旨在通过港中大（深圳）祥波书院与港中大新亚书院的试点合作，探索人工智能时代下姊妹书院的创新协作模式。项目将通过组织学生参访粤港澳大湾区龙头企业、提供顶尖科技企业实习机会、举办科技创新竞赛、人工智能主题研讨会以及书院科研互访项目等活动，为学生创造接触前沿科技、提升实践能力的平台。项目采用两年期分阶段实施计划，通过资源整合与分工协作确保执行效率。预期成果包括：建立可复制的书院合作范式，强化两校园间联系，培养学生创新能力与团队协作精神，并为两校构建可持续的合作关系积累经验。