2022年10月13日，香港中文大学（深圳）和香港中文大学正式宣布联合设立2+2本科学位课程，为大湾区培育优秀人才。这也是粤港澳大湾区首个让学生于深港两地校园修读双主修本科课程的项目。在本科四年学习期内，双主修本科课程项目的学生将于两校园各修读共计两年，以进行学习、研究及实地考察，更可于深港两地的国际及内地顶尖机构实习。另外，双主修学生将获得港中大「在学．在职计划」的全职带薪工作机会。毕业生将获颁香港中文大学学士学位，并在证书上列明两个主修专业。两校园计划每年录取每个项目约40至50名学生。

跨学科数据分析+X

两校于2023年开设“跨学科数据分析+X”双主修课程。香港中文大学（深圳）的学生的第一主修专业可选读香港中文大学（深圳）开设的【计算机科学与技术、电子与计算机工程、统计学、数学与应用数学、市场营销、金融工程】，第二主修专业为香港中文大学开设的【跨学科数据分析】。香港中文大学的学生的第一主修专业将为【跨学科数据分析】，第二主修可选读香港中文大学（深圳）开设的以上六个专业或香港中文大学的五个专业。

航天科学与地球信息学+X

两校于2024年开设“航天科学与地球信息学+X”双主修课程，此课程旨在为学生传授该领域的专业知识，让学生运用数据设计创新方案，以研究外太空及保护地球，并为学生提供更多元的学习机会，在香港和深圳两地体验生活，拓宽视野。

香港中文大学（深圳）的学生的第一主修专业可选读香港中文大学（深圳）开设的【电子与计算机工程、数据科学与大数据技术、物理学、新能源科学与工程、城市管理】，第二主专业修为香港中文大学开设的【航天科学与地球信息学】。香港中文大学的学生的第一主修专业将为【航天科学与地球信息学】，第二主修可选读由香港中文大学（深圳）开设的以上五个专业或香港中文大学的五个专业。